Metagenomics of metagenoom analyse is de studie van al het aanwezige DNA afkomstig uit een geïsoleerd staal en omvat het gelijktijdig identificeren van meerdere (micro-)organismen voor tal van toepassingen (e.g. detectie van pathogenen of resistentie). DNA-sequeneringstechnologieën hebben het mogelijk gemaakt om het volledige DNA te verkrijgen van niet-gecultiveerde micro-organismen (mo’s). Echter blijft de identificatie van organismen uit gemengde populaties door middel van traditionele short-read sequencing technologieën een uitdaging. De recentste nanopore sequencing technologie bestaat uit realtime, long read sequencing die beperkingen van deze methodes kan overkomen. In dit project zullen we met verschillende werkveldpartners nieuwe metagenomics toepassingen door middel van nanopore sequencing uitwerken. Verder zal ook automatisatie van staalvoorbereiding en artificiële intelligentie (AI) voor data-analyse onderzocht worden.